Truyện tranh "Red Data Book" xoay quanh cuộc hành trình của Mizuki, một cô gái trẻ bí ẩn mang trong mình khả năng đặc biệt từ một thế giới siêu nhiên sống ẩn dật giữa loài người. Bị truy đuổi bởi tổ chức săn lùng những sinh vật siêu nhiên hiếm có, Mizuki phải tìm cách ẩn náu và học cách kiểm soát sức mạnh của mình.
Trên đường hành trình, Mizuki gặp phải Haru, một thợ săn siêu nhiên tài ba nhưng mang trong lòng bí mật đen tối. Mặc dù bất đồng về quan điểm và mục tiêu, hai người buộc phải hợp tác để đối phó với đối thủ chung - Saito, một nhà địa lý đã mất tích nhiều năm trước, giờ đã trở về với mục đích bóng bẩy hơn bao giờ hết.
Dần uncovering các bí mật đằng sau tổ chức Red Data Book, Mizuki và Haru sớm nhận ra mình đang rơi vào một cuộc chiến không chỉ có liên quan đến sức mạnh siêu nhiên mà còn dày vò các âm mưu nguy hiểm. Đằng sau mỗi bí ẩn là một câu chuyện đau thương, và sự lựa chọn giữa lòng tin và trách nhiệm đang dần đặt ra cho họ.
