Bối cảnh trong truyện "Ninja Shinobu-Chan No Junjou" là một trường trung học bình thường, nơi mà nữ sinh Shinobu có bí mật là một ninja tài ba. Một hôm, khi đang ẩn mình trên cây trong sân trường để thực hiện nhiệm vụ giám sát, Shinobu tình cờ chứng kiến cảnh cậu học sinh nổi tiếng trong trường - Takumi, bị bọn học sinh quậy phá. Không thể nhịn nổi, Shinobu lao xuống để bảo vệ Takumi, nhưng bất ngờ cả hai rơi xuống hồ nước trong sân trường.
Trong thoáng chốc, Shinobu và Takumi nằm sấp trên bãi cỏ ướt, đầy nước rơi trong ánh nắng chiều tà. Mặc dù trạng thái hơi lộn xộn, Shinobu không thể tin vào ánh mắt của Takumi - sự biểu lộ tốt đẹp và ấm áp. Từ đó, mối quan hệ giữa họ bắt đầu thay đổi, với Shinobu giúp Takumi vượt qua nhiều khó khăn và nguy hiểm cùng một lúc thức tỉnh tình cảm trong lòng cậu. Nhưng liệu tình cảm của họ có được chấp nhận trong một xã hội bình thường hay không?
