Trong một ngày nắng đẹp, làng Ninja bỗng chốc rơi vào tình trạng hỗn loạn khi một loạt vụ án mạng bí ẩn xảy ra. Điều đáng nói là những nạn nhân đều là những ninja tài năng và sở hữu khả năng đặc biệt. Trong lúc giao tranh với kẻ thù, ba ninja trẻ: Hiro, Akira và Haru, tự nhận mình là nạn nhân tiếp theo của tên sát nhân bí ẩn.
Hiro, chàng trai mạnh mẽ nhưng đầu óc lẻ loi, quyết tâm truy tìm sự thật sau cái chết của thầy mình. Akira, cô gái thông minh và bí ẩn, luôn giữ bí mật về quá khứ đen tối của mình. Haru, ninja tinh nhuệ và sở hữu khả năng thần bí, cảm thấy xao lạc giữa sự kiện khủng khiếp này.
Họ bắt đầu cuộc hành trình đầy nguy hiểm, đối mặt với rắc rối, bí ẩn và cả những nguy cơ hiểm họa. Liệu ba người họ có thể tìm ra thủ phạm đứng sau mọi vụ án, hay họ sẽ trở thành nạn nhân tiếp theo trong "Ninja Loạn Thị"?
