Trong trường trung học Teitan, một vụ án kỳ bí vừa xảy ra khiến cho tất cả mọi người đều hoang mang. Thủ phạm chính là Takato, một học sinh bình thường nhưng lại đột ngột bị tình nghi giết người. Kindaichi, cùng với đội của mình, quyết tâm lấp lấy sự thật đằng sau vụ án.
Kindaichi phát hiện ra rằng tất cả thuộc về một ấn phẩm thất lạc của trường, được gọi là "Cuốn Sách Cấm". Trong đó, điều kinh hoàng nhất là sự tiếp tục của nhiều vụ án giết người đến từ quá khứ. Mọi manh mối đều dẫn về Takato, khiến cho cảnh sát và bạn bè của cậu đều nghi ngờ.
Tuy nhiên, khi Kindaichi điều tra sâu hơn, anh phát hiện ra một âm mưu hoành hành dưới cái bóng của "Cuốn Sách Cấm". Đó không phải là Takato, mà là kẻ sát nhân thực sự, người đã lợi dụng tình thế của cậu để thực hiện âm mưu đen tối của mình.
Sử dụng trí tuệ và sự thông minh của mình, Kindaichi đã vạch trần sự thật và cứu lấy mạng sống của Takato. Cuộc truy lùng kẻ thủ ác và đấu tranh với thời gian đã đưa Kindaichi và đội của mình đến gần với sự chia rẽ và nguy hiểm hơn bao giờ hết.
