Truyện tranh Dennou Kakugi Mephisto Waltz mở đầu bằng cuộc gặp gỡ ám ảnh giữa nhân vật chính, cô nàng hacker tài ba Yuki, và Kaito, một nhân vật bí ẩn đầy ẩn họa. Kaito không chỉ là một hacker thiên tài mà còn là kẻ nắm giữ bí mật vô cùng nguy hiểm. Cuộc truy đuổi giữa họ bắt đầu từ đó, nhưng mỗi bước di chuyển của họ đều đưa họ đến gần với sự thật chưa từng được hé lộ về quá khứ đen tối của họ.
Khi Yuki phát hiện ra sự liên kết kinh hoàng giữa Kaito và tổ chức tội phạm mạnh mẽ nhất thế giới, cô bắt đầu đối mặt với một quyết định đầy tính định mệnh: liệu cô có chấp nhận sự thật và hy sinh tất cả để bảo vệ những người xung quanh hay không? Điều gì đang chờ đợi họ ở phía trước, khi mọi bí ẩn và âm mưu đều sắp được tiết lộ? Sự chết chóc, đau lòng và sự hy sinh đang đợi họ ở cuối con đường...
