Truyện Yuunagi Marbled xoay quanh cuộc sống của hai cô gái trung học, Rin và Hana, từng có thời thanh mai trúc mã nhưng rồi bị cách xa vì một sự cố bất ngờ. Cuộc sống của họ tiếp tục theo hai hướng hoàn toàn khác biệt, đến khi một ngày, họ gặp lại nhau trong bữa tiệc kỷ niệm lớp.
Rin là cô học sinh xuất sắc, luôn dành thời gian cho học tập và hoạt động từ thiện. Trong khi đó, Hana lại là cô uke mê mẩn thể thao, luôn tự tin và mạnh mẽ. Sự trùng hợp định mệnh đã đưa họ gặp nhau, nhưng mọi chuyện không hề suôn sẻ như tưởng.
Khi phải hợp tác trong một dự án từ thiện, họ dần khám phá ra những bí mật từ quá khứ, những hiểu lầm và sự thù hận. Tình yêu cũ kéo họ lại gần nhau, nhưng cũng chính tình yêu mới giúp họ vượt qua khủng hoảng, học cách chấp nhận và tha thứ để bước tiếp vào tương lai hạnh phúc hơn.
