Trường trung học phủ kín bóng đêm, chỉ có ánh sáng yếu ảo giữa những mảnh đêm tối. Trong khuôn viên vắng vẻ đọng lại mùi hoa tsubaki phảng phất, nhưng không ai biết rằng đó chính là con đường dẫn đến thế giới ngầm của linh hồn bị khuất. Sự biến mất đột ngột của nhiều học sinh đã khiến cho mọi người sởn gai ốc, chỉ duy nhất cô học sinh mới chuyển đến, Rin, dường như có sức mạnh cảm nhận về thế giới bên kia.
Nhưng khi bóng đêm ập đến, bí mật về ngôi trường bắt đầu dần hé lộ. Những bóng ma, hồn ma đã bị lãng quên từ hàng thế kỷ trước bắt đầu làm lại cuộc sống của mình thông qua những học sinh bị mất tích. Rin phát hiện ra mình không chỉ là một con người bình thường, mà còn chính là chìa khóa mở ra cánh cửa giữa hai thế giới.
Dần dần, bức màn bí ẩn được vén bởi sự hy sinh, lòng dũng cảm và trí tuệ của Rin, khi cô phải đối mặt không chỉ với các linh hồn hận thù mà còn với bản thân mình, tìm câu trả lời cho nguyên nhân của sự biến mất bí ẩn đó...
