Trong một lần thám hiểm khu rừng ma quái, Reimu - một hiệp sĩ linh thiêng, tình cờ phát hiện một cuốn sách cổ bí ẩn tại một ngôi làng hoang tàn. Quyết định khám phá sự bí ẩn của cuốn sách, Reimu bước vào thế giới tăm tối của Touhou Suzunaan.
Trang sách mở ra, từng chữ viết trắng đen trên giấy cổ, đầy những biểu tượng ma thuật rực rỡ. Một sự nguy hiểm tiềm ẩn dường như chi phối từ những chữ viết ấy, và Reimu cảm thấy mình bị hấp dẫn bởi sức mạnh cổ xưa trong trang sách.
Đọc từng dòng chữ, cô hiểu rõ hơn về một thế giới tối tăm đầy ác quỷ mà cuốn sách mang lại. Nhưng điều gì đáng sợ hơn, là khi Reimu phát hiện một nhân vật trong sách, một định mệnh từng định sẵn sẽ làm thay đổi cuộc đời cô mãi mãi.
Dần dần, những bí ẩn trong Touhou Suzunaan dần hé lộ, kéo theo những mẫu chuyện ma quái chưa từng được phơi bày trước đây. Câu chuyện xoay quanh những khả năng siêu nhiên của nhân vật, cùng tiết lộ đau lòng về những quyết định và hậu quả của việc chạm vào sức mạnh vô tận.
Với câu hỏi "Liệu sự tò mò của con người có đem lại hạnh phúc hay đau khổ?", Reimu phải đối diện với quyết định cuối cùng: tiếp tục đi sâu vào bí ẩn của Touhou Suzunaan hay dừng lại, trước khi mọi thứ mất kiểm soát.
