Trên mảnh đất Gensokyo yên bình, Koishi Komeiji - cô nàng mắc chứng tâm thần bí ẩn, luôn che giấu trái tim của mình - đang trải qua một cuộc phiêu lưu đầy kỳ cục. Một ngày, khi đang dạo chơi trong rừng, cô nhận ra rằng những phát sóng ý thức của mọi sinh vật trong rừng đều bị làm rối loạn. Điều này gây ra một loạt những hiện tượng kỳ lạ, từ cái nắng chiếu xuyên qua cây cối đến sự hiện diện của những đám mây khói mù mịt.
Không thể ngồi yên, Koishi quyết định tìm ra nguyên nhân thực sự đằng sau hiện tượng này. Trong hành trình của mình, cô đã gặp phải vô số thử thách khác nhau từ những thế lực đen tối muốn kiểm soát ý thức của cô đến những sinh vật đáng yêu muốn giúp đỡ. Dần dần, Koishi nhận ra rằng để giải quyết tình hình, cô cần phải đối diện với chính bản thân mình và chấp nhận sự thật đau lòng mà cô đã từng che giấu.
Cuộc phiêu lưu của Koishi không chỉ là việc tìm ra nguyên nhân của hiện tượng bí ẩn, mà còn là hành trình khám phá về bản thân cô, về tình yêu và sự tha thứ. Dù cuộc hành trình đầy gian nan, nhưng Koishi sẽ không ngừng chiến đấu cho đến khi tìm ra lời giải và chiếm lại sự yên bình cho Gensokyo.
