Trên vùng đất Gensokyo, nơi mà con người và yōkai sống chung hòa bình, một bí mật nguy hiểm đang âm thầm lẩn khuất. Reimu, một thiến sư mạnh mẽ và thông minh, phát hiện ra những dấu vết bí ẩn đang dẫn về một cuốn sổ kỳ bí, có khả năng ghi nhớ mọi sự việc xảy ra trong Gensokyo.
Mặc dù vô cùng nguy hiểm, cuốn sổ lại rơi vào tay một yōkai tên là Ran Yakumo, người có khả năng kiểm soát thời gian. Sức mạnh khổng lồ từ cuốn sổ khiến Ran trở nên tham vọng hơn, và cô quyết định thay đổi vận mệnh của Gensokyo theo ý mình.
Reimu và những người bạn của mình, bằng sự thông minh và quyết tâm, buộc phải đối mặt với Ran để ngăn chặn âm mưu nguy hiểm. Trận chiến giữa hai phe, giữa thiện và ác, sắp bắt đầu, và chỉ có một phe chiến thắng. Liệu Reimu có thể đánh bại Ran và cứu vãn Gensokyo khỏi thảm họa?
