Trên thiên đàng thần bí Gensokyo, một hiện tượng lạ bất ngờ xảy ra khi một âm mưu hủy diệt toàn bộ vị thần và yêu ma đang bị che giấu dần bởi bóng đêm bất ngờ được phát hiện. Reimu Hakurei, cùng với nhóm bạn thân của mình, quyết định dấn thân vào cuộc chiến nguy hiểm để ngăn chặn mối đe dọa này. Tuy nhiên, khi họ tiến sâu vào bóng tối, họ phát hiện ra một bí mật kinh hoàng: một thế lực hắc ám đang lợi dụng sự yếu đuối ẩn dấu tại tâm hồn của Reimu, cố gắng biến thần tiên nhân từ "bảo vệ" thành "kẻ phản động". Sự phản bội, lòng tin tan vỡ, Reimu phải đối diện với quyết định khó khăn nhất trong cuộc đời mình: liệu cô sẽ chấp nhận tạo ra một hiểm họa mới để ngăn chặn hiểm họa cũ hay không?
