Trong một đêm ẩm ướt, thành phố New York bỗng chốc bị bao phủ trong sắc hoàng hôn màu tím lạ thường. Những chiếc xe buýt bỗng dưng biến mất, cơn giông to đến bất chợt và một tòa nhà chọc trời bỗng nhiên biến mất trước mắt mọi người. Cảnh sát hoảng loạn, dân chúng kinh động không biết chuyện gì đang xảy ra.
Trong khi đó, bốn anh em Ninja Turtles đang rục rịch chuẩn bị cho một trận chiến với Shredder. Đột nhiên, chúng nhận ra Splinter, người thầy yêu quý, đã mất tích một cách bí ẩn. Miệng lưỡi sắc nhọn của Shredder lần nữa làm cho gia đình chiến binh Ninja này rung động, tâm lý phức tạp mà không lời thoại nào thể hiện hết được.
Thế nhưng, khi họ đến nơi mà toà nhà biến mất, họ không ngờ rằng sự thật đang chờ họ phía trước là một bí mật mà họ chưa từng nghĩ tới. Splinter đã bị bắt cóc, cuộc chiến lần này không chỉ đặt ra mục tiêu cứu người thầy mà còn phải đối mặt với một thế lực siêu nhiên hơn bất kỳ thứ gì mà họ từng đương đầu trước đây.
