Truyện tranh "Siêu Bí Mật" xoay quanh cuộc phiêu lưu của cậu bé Tommy, một thiên tài trẻ tuổi với khả năng phân tích và giải mã mọi bí ẩn. Một ngày nọ, khi điều tra vụ án mất tích của chú chó cưng của cô bạn gái Luna, Tommy bất ngờ phát hiện ra một căn phòng bí mật ẩn giấu dưới tầng hầm của nhà trường.
Không ngờ căn phòng đó chứa đựng một chiếc hộp cổ đại với bí mật kinh hoàng - có thể làm thay đổi cả thế giới. Nhưng để mở hộp, họ cần tới ba chiếc chìa khóa đặc biệt, mỗi chiếc được chôn giấu ở ba địa điểm nguy hiểm. Tommy và Luna bất đắc dĩ phải bắt tay vào cuộc hành trình nguy hiểm để tìm kiếm những chiếc chìa khóa, trước khi bí mật trong hộp rơi vào tay kẻ xấu xa muốn sử dụng nó với mục đích xấu xa.
Cuộc hành trình đầy thử thách, khám phá bí ẩn và đối mặt với nguy hiểm đã mở ra một chặng đường kỳ thú, đồng thời thử thách tình cảm và tinh thần chiến đấu của Tommy và Luna. Liệu họ có thể vượt qua mọi khó khăn, khám phá bí ẩn trong hộp và ngăn chặn âm mưu đen tối? Hãy cùng theo dõi để khám phá!