Bối cảnh đưa chúng ta đến tương lai xa xôi, khi con người đã tạo ra những con tàu vũ trụ khổng lồ để chốt chặn cuộc xâm lăng của những sinh vật ngoài hành tinh đáng sợ. Trong một cuộc chiến kỳ diệu, phi công tài ba Nagate đã thể hiện tài năng phi thường khi tiêu diệt một loạt quái vật khổng lồ để bảo vệ tàu vũ trụ Sidonia.
Tuy nhiên, sự xuất hiện của một sinh vật mới mẻ và cực kỳ nguy hiểm đã đặt ra thách thức mới cho Nagate và đồng đội. Khi đối mặt với kẻ thù, Nagate phải đối diện với quá khứ u ám và những bí mật khủng khiếp đã được che giấu suốt thời gian dài. Trải qua những mưu mẹo, chiến thuật táo bạo và những tình huống nguy hiểm đến mức độ căng thẳng, Nagate cuối cùng đã phải đối mặt với một quyết định khó khăn: giữ lại sự nguyên vẹn và trung thành với người đồng đội, hay hy sinh tất cả để bảo vệ Sidonia khỏi sự tàn phá của sinh vật hủy diệt.
Đoạn trích kết thúc khi Nagate đứng trước lựa chọn quan trọng nhất cuộc đời mình, ánh mắt bừng sáng đầy quyết tâm và lòng dũng cảm không thể diễn tả.
