Truyện "Shounen No Abyss" xoay quanh câu chuyện về cậu học sinh trung học Akira, một chàng trai lạnh lùng và ít nói, luôn giữ khoảng cách với mọi người xung quanh. Tuy nhiên, dưới vẻ ngoài lạnh lùng ấy chính là một trái tim đầy bi kịch và bí ẩn.
Một ngày nọ, Akira bất ngờ nhận được một lá thư từ một người bạn cũ, bày tỏ sự lo lắng về sức khỏe của cậu. Điều kỳ lạ là người bạn này đã mất cách đây nhiều năm trong một tai nạn đầy bí ẩn. Sự xuất hiện của lá thư này đã đánh thức những ký ức đã lâu ngủ quên trong tâm trí Akira.
Điều Akira không ngờ đến chính là việc mình bắt đầu trải qua những hồi ức kỳ lạ và giấc mơ đầy ám ảnh về ngày hôm đó. Dần dần, mọi sự thật được vén màn, khiến cho cuộc sống tĩnh lặng của Akira bị đảo lộn hoàn toàn. Bắt đầu từ đó, cuộc sống của cậu trở nên rối ren, từ việc bí ẩn xung quanh cái chết của người bạn đến sự thật đen tối về bản thân mình.
Nhưng liệu Akira có thể vượt qua được những bí mật đen tối, giải thoát cho chính mình và tìm ra sự thật đằng sau một cách thức tồi tệ nhất? Để khám phá ra câu trả lời, Akira phải đối diện với những thử thách cam go, những quyết định đầy tiếc nuối và những mối quan hệ phức tạp hơn bao giờ hết.
