Trong trường học nổi tiếng Tokyo-3, một học sinh bí ẩn tên Shinji bỗng dưng được triệu hồi đến tổ chức NERV, nơi chế tạo các Evangelion - những vũ khí khổng lồ chống lại kẻ thù ẩn náu Angel. Những nhiệm vụ nguy hiểm, cuộc chiến sinh tồn giữa con người và Angel đã đặt ra không ít khó khăn cho Shinji. Trên con đường chiến đấu đầy khó khăn ấy, Shinji phải đối mặt với bí mật của quá khứ, những sự phản bội không lường trước, và nhất là... tình yêu.
Ritsu, một cô nàng tinh nghịch, là người bạn mới đầy bí ẩn của Shinji. Sự hiểu biết và sự dấn thân của cô đã khiến Shinji mơ ước về tương lai, trở nên mạnh mẽ hơn. Tuy nhiên, khi Ritsu vô tình lộ ra bí mật của NERV, tất cả cảm xúc trong Shinji đều bị lay động. Liệu tình cảm của họ có thể vượt qua mọi thử thách hay sẽ chìm trong biển lặng của sự phản bội? Số phận của cả nhân loại dường như phụ thuộc vào quyết định của Shinji...
