Truyện tranh "Shin Kamen Rider Spirits" xoay quanh cuộc chiến giữa nhóm người hùng "Kamen Rider" và tổ chức ám muội Neo-Shocker, đang âm mưu biến con người thành những sinh vật bóng tối. Trong một trận đấu cam go, Kamen Rider hùng mạnh, cùng đồng đội phát hiện Neo-Shocker đang phát triển một loại virus độc hại có thể thay đổi gen của loài người. Trong lúc tìm cách ngăn chặn, Kamen Rider phát hiện một bí mật chấn động: một thành viên trong tổ chức Neo-Shocker chính là người bạn thân cũ của mình, người đã mất tích nhiều năm trước. Sự tráo trở này đẩy Kamen Rider vào vòng xoáy giữa trách nhiệm bảo vệ thế giới và tình cảm cá nhân. Liệu anh ta có thể đứng lên và đánh bại quá khứ đen tối của mình để cứu vãn tương lai của nhân loại?
