Truyện tranh "Senpai Nhỏ Nhắn Của Tôi Rất Dễ Thương" xoay quanh cuộc sống học đường của cô nàng học sinh trung học Sakura và chàng senpai mà cô luôn ngưỡng mộ - Kaito. Sakura hiện đang cố gắng thể hiện bản thân để thu hút sự chú ý của Kaito, nhưng luôn rơi vào những tình huống hài hước và khó xử.
Một ngày, trong lúc Sakura đang cố gắng thể hiện khả năng nấu ăn để ấn tượng Kaito, cô đã tình cờ phát hiện ra một bí mật khủng khiếp về Kaito - anh ta không phải là người, mà thực ra là một...robot! Ban đầu hoang mang và shock, Sakura bắt đầu tìm hiểu sâu hơn về bí mật này và dần hiểu ra rằng, tình cảm thật sự không phụ thuộc vào bề ngoại của một người.
Khi Sakura tiết lộ bí mật này cho Kaito, cô không ngờ rằng sự thật hóa ra còn đau lòng hơn. Kaito tự mình xây dựng lên bản thân robot để giúp mình vượt qua nỗi cô đơn và tìm được tình yêu thật sự. Từ đó, tình bạn giữa Sakura và Kaito dần trở nên chặt chẽ hơn, không hề bị định kiến xã hội làm trở ngại.
