Trong Red Eyes, thế giới đã bị xâm lược bởi một loại robot thần khí được gọi là "Red Eyes". Chúng không chỉ tàn phá mà còn thay đổi mọi vật thể xung quanh thành phiên bản kỳ dị của chính nó. Shiro, một phi công trẻ, mắc kẹt giữa cuộc chiến giữa con người và Red Eyes, phát hiện ra một bí mật kinh hoàng: bản thân anh chính là sinh vật kì lạ tồn tại giữa hai thế giới.
Khi khám phá được sức mạnh của mình, Shiro đối mặt với quyết định đau lòng: tiếp tục chiến đấu bên cạnh con người hay chấp nhận sự thật về bản thân và gia nhập phe Red Eyes để tìm kiếm câu trả lời cho bí ẩn về nguồn gốc của mình.
Trải qua nhiều thử thách, Shiro đối mặt với những khó khăn nội tâm và tiến xa hơn vào lòng bí ẩn của mình. Sự phức tạp của tâm lý và động cơ hành động của nhân vật đã tạo nên một bước ngoặt khó lường, khiến cho cuộc chiến trở nên phức tạp hơn bao giờ hết.
