Trong một buổi chiều u ám, trời đổ mưa phùn nhẹ nhàng, trường Ninja Rantarou bỗng rúng động bởi một sự kiện bất ngờ. Hồ Hải - một học sinh tài năng nhưng luôn lạnh lùng và xa cách - bất ngờ biến mất một cách đầy bí ẩn. Điều đáng chú ý là trên bảng thông báo của trường, chỉ có một dòng chữ lạ mắt: "Thử thách cuối cùng - ai giải mã được bí mật, sẽ tìm thấy Hồ Hải." Tất cả học sinh, bao gồm cả ba Ninja của nhóm Rantarou, nhanh chóng bắt tay vào cuộc truy tìm cam go và căng thẳng.
Trải qua những thử thách khó khăn, họ đã dần khám phá ra bí mật đằng sau vụ biến mất của Hồ Hải - một âm mưu quyền lực hơn cả tưởng tượng. Để cứu bạn bè và ngăn chặn thảm họa, họ phải vượt qua những thử thách nguy hiểm và áp đảo từ kẻ thù không đội trời chung. Trận đại chiến cuối cùng sẽ quyết định số phận của Ninja Rantarou cũng như cả trường Ninja. Họ sẽ chiến thắng hay thất bại? Sự thật cuối cùng sẽ được phơi bày, và tâm hồn của mỗi nhân vật cũng dần hé lộ trong những phút giây quyết định.
