Trong một ngày dường như bình thường, khi các Puella Magi là Sayaka, Kyouko, Homura và Mami đang cùng nhau thư giãn tại hồ nước quen thuộc, một vụ tai nạn kì lạ đã xảy ra. Một cánh cổng từ một thế giới song song đã mở ra, kéo theo sự xuất hiện của một Puella Magi mới lạ, tên là Requiem.
Requiem không giống bất kỳ Puella Magi nào họ từng gặp, sức mạnh của cô đến từ sự hi sinh của những người khác và cô không ngần ngại làm điều đó để tăng cường sức mạnh của mình. Cô hiện diện với một mục tiêu tối cao: thống trị tất cả các thế giới và biến Puella Magi thành kẻ thù.
Nhóm Puella Magi phải đối mặt với một cuộc chiến cam go, trong đó họ không chỉ đối đầu với Requiem mà còn phải đối diện với những thử thách và nguy hiểm đến từ bên trong. Tâm lý của họ được đặt vào thử thách tột cùng, xác định ai sẽ là người sống sót cuối cùng, ai sẽ hy sinh và ai sẽ đối mặt với số phận đau buồn.
