Trên hành tinh Pokemon, một trận chiến cam go giữa Red - HLV Pokemon tài ba và Giovanni - ông trùm của Tổ chức Rocket đang đến hồi gay cấn. Trong lúc Red đang gặp khó khăn, một Pokemon bí ẩn xuất hiện từ trong một cột sáng màu tím, giải cứu anh khỏi tình thế nguy hiểm. Không ai biết được Pokemon này là ai, nó chỉ giao cho Red một chiếc hộp nhỏ trước khi biến mất trong bóng tối. Bên trong chiếc hộp, Red tìm thấy một viên đá quý lấp lánh với sức mạnh bí ẩn.
Với sự giúp đỡ từ viên đá quý, Red đã chiến thắng Giovanni và đánh bại Tổ chức Rocket. Tuy nhiên, câu chuyện chỉ mới bắt đầu khi Red và những người bạn thân của anh bắt đầu hành trình đầy thách thức để khám phá nguồn gốc của viên đá quý và sức mạnh kỳ diệu của Pokemon bí ẩn. Liệu sự xuất hiện của Pokemon này có thể đem lại hòa bình hay gây ra nguy hiểm không lường trước? Chỉ có thể biết khi cuộc phiêu lưu mới bắt đầu...
