Trong lúc thám tử học viện Shujin bước vào Mementos để loại bỏ kẻ thù mới, họ phát hiện ra một khu vực ẩn dưới đáy của địa điểm kì bí này. Cả nhóm bất ngờ khi đụng độ với một đối thủ mạnh mẽ hơn bất kỳ thứ gì họ từng gặp trước đây. Đó không chỉ là một Shadows bình thường mà là một người hùng với khả năng sử dụng Persona mạnh mẽ và kiến thức về các chiến thuật rất sâu sắc.
Sau khi trận đấu gay cấn kéo dài, đối thủ cuối cùng tiết lộ bản thân mình: là một sinh viên trường Shujin biến mất một năm trước và bí mật về sức mạnh của Mementos đã thay đổi anh ta hoàn toàn. Dù nguy hiểm, anh ta vẫn giữ lại một phần tâm hồn lúc tỉnh, nhưng vẫn âm mưu sử dụng sức mạnh này để kiểm soát cả thế giới thực.
Với tâm lý phức tạp, hội trưởng Ryuji buộc phải đối mặt với quyết định đạo đức khi phát hiện ra sự thật đằng sau thủ lĩnh mới này. Câu chuyện đang dần hé lộ những bí mật đen tối và mở ra một cuộc chiến kịch tính giữa công lý và kiểm soát, khi các nhân vật phải thử sức với tình thế đầy nghẹt thở và những sự lựa chọn đau lòng.
