Trong một thế giới bị ám ảnh bởi bóng tối và sự xuất hiện của Shadow, một nhóm thanh niên tại Học viện Gekkoukan đã phát hiện ra sự thật đáng sợ đằng sau sự biến mất của mọi người vào ban đêm. Anh hùng chính là Makoto, một chàng trai bí ẩn và tinh nghịch với khả năng giao phó đến Persona mạnh mẽ.
Trận chiến cuối cùng giữa nhóm và Shadow đang diễn ra gay cấn khi Mitsuru, người bạn thân nhất của Makoto, bỗng trở thành con mồi của Shadow, đe dọa đẩy cả nhóm vào bước đường cùng. Trong lúc tuyệt vọng, sức mạnh của Persona mới bị trả...lại từ quá khứ! Với sự hợp tác và quyết tâm, Makoto và nhóm đã vượt qua thử thách, giải cứu Mitsuru và học được một bài học quý giá về tình bạn và sự đoàn kết.
Điều bất ngờ nhất không phải là việc chiến thắng Shadow, mà là khám phá về nguồn gốc của chúng và mục đích thật sự của chúng trong thế giới loài người. Câu chuyện chỉ mới bắt đầu, và Makoto và nhóm sẽ phải đối mặt với những khó khăn khác biệt và đưa ra những quyết định đầy tính chất sống còn.
