Truyện tranh "Otokonoko Ni Wa Himitsu Ga Aru" xoay quanh cuộc sống đầy bí ẩn của cô gái trẻ Akari và chàng trai biết nhiều hơn về cô, Kazuki. Một ngày nọ, khi Akari tình cờ phát hiện ra một bức ảnh hồ sơ cũ của mình trong tủ sách của Kazuki, những bí mật từ quá khứ bắt đầu dần hé lộ. Nhận ra Kazuki không chỉ là người bạn thầm lặng yêu thầm mình, mà còn là người đã bảo vệ bí mật của cô suốt bao nhiêu năm. Thấu hiểu tình cảm sâu đậm ẩn giấu sau sự im lặng, Akari quyết định mở lòng và chia sẻ những gì mình từng che giấu. Mối quan hệ của họ lúc này trở nên phức tạp hơn, với những đau khổ, hối hận, nhưng cũng đẫm đầy hy vọng và tình yêu thương.
