Trên bầu trời xanh rực sáng, những ngôi sao lấp lánh như muốn kể cho thế giới nghe về một câu chuyện kỳ bí. Trong bóng tối bên dưới, Haruhi Suzumiya - cô nàng học sinh bí ẩn với mắt sáng như ánh sao, đột ngột bị mất tích một cách bí ẩn. Nhóm SOS Brigade vô cùng lo lắng và bắt đầu cuộc tìm kiếm gần như không ngừng nghỉ.
Kyon, chàng trai bình thường nhưng luôn rơi vào những tình huống khó hiểu, cảm thấy nỗi lo sâu thẳm nhen nhóm trong lòng. Những bí ẩn về Haruhi, vũ trụ và sức mạnh kì bí bắt đầu hé lộ. Cuộc đối đầu giữa Kyon và một tổ chức siêu năng lực đen tối dần trở nên căng thẳng.
Khi bí mật nằm sau việc biến mất của Haruhi dần được phơi bày, Kyon và nhóm SOS Brigade phải đối mặt với sự thật khó tin và quyết định tương lai của cả vũ trụ. Liệu họ có thể vượt qua được thử thách, hay mọi hy vọng chỉ là một cơn ác mộng trong đêm u tối?
