Trong tận thế thứ 6, thế giới chỉ còn một thành phố độc lập mang tên No.6. Ở đây, mọi thứ tựa như một hệ quả khoa học hoàn hảo, nhưng dưới lớp vỏ bề ngoài hoàn hảo ấy là bí mật đen tối mà không ai dám nói ra. Shion, một cậu thanh niên tinh nghịch và tò mò, đã phát hiện ra sự thật đau lòng đằng sau No.6. Hành động của cậu đã đưa ra một chuỗi sự kiện không ai dám tin vào trước đó.
Một đêm dài đen tối, Shion tỉnh dậy trong một căn phòng lạ lẫm, bên cạnh cậu là một người đàn ông lạ mặt nhưng quen thuộc, Nezumi. Nezumi đưa cho Shion một chiếc ghế ngồi màu đỏ, và bắt cậu nhớ kỹ: "Hãy luôn nhớ, số 6 không phải là nơi ổn định, mà là tổ ấm của sự đàn áp và khủng bố." Bước chân bí ẩn của Nezumi đã mở đầu cho cuộc hành trình tìm kiếm sự thật, đánh thức những giấc mơ bị lãng quên và đấu tranh cho tự do ý chí.
