Tiếng mưa rơi nhè nhẹ trên mái trường học Hojun, tạo ra âm nhạc êm đềm. Cô học sinh mới chuyển đến, Asuka, đang lang thang trong khuôn viên khi bỗng dưng nghe thấy tiếng kêu cứu từ căn phòng cũ kỹ ở tầng hầm. Cô không ngần ngại đưa tay mở cánh cửa sắt cũ, phát hiện ra một chiếc hộp đen lạ mắt đang hoạt động.
Một luồng ánh sáng phát ra từ hộp, khiến không gian xoay chuyển, Asuka rơi vào một thế giới tưởng chừng không tồn tại. Trước mắt cô là những sinh vật lạ mắt, được mô tả trong sách giáo khoa nhưng giờ đây cảm nhận được nỗi sợ hãi thật sự.
Asuka gặp một cậu chàng tên Ryuu, người đã giải thích rằng họ đang lạc vào "Genome" - thế giới ẩn giấu sự thật về những kẻ bên trong gen, tồn tại như những phiên bản tối hậu của con người, mang đầy hiểm nguy.
Dần dần, bí mật về Genome được vén mở. Asuka phát hiện ra mình có khả năng đặc biệt để đối phó với những thử thách tồi tệ nhất từ các kẻ bên trong gen. Khoanh khác sinh tồn trở nên kéo dài, và mọi quyết định của cô không chỉ ảnh hưởng đến cuộc chiến tưởng chừng không thể thắng lợi này, mà còn đến lựa chọn giữa tình bạn, tình yêu và sự hy sinh.
