Truyện tranh "Người Đại Diện Linh Hồn" kể về Tsubasa - một học sinh trung học với khả năng đặc biệt nhìn thấy những linh hồn vô tình lạc trong thế giới loài người. Một ngày, anh phát hiện ra một linh hồn trẻ trai tên Kaito, nhưng khác biệt lớn nhất là Kaito không nhớ mình đã chết như thế nào.
Tsubasa quyết định giúp Kaito tìm ra tung tích của mình, nhưng cuộc truy lùng dần dần biến thành một vụ án kỳ bí liên quan đến linh hồn và quá khứ đen tối. Khi họ tiến sâu vào vụ án, họ phát hiện ra sự liên kết đến một tổ chức bí ẩn luôn theo dõi từ xa.
Dần dần, những bí mật khủng khiếp về Kaito và cả Tsubasa từng bước được phơi bày, đưa họ đến cái kết không ngờ đến nhất với một sự thật vô cùng đau lòng và không thể tin nổi về linh hồn và thế giới tâm linh.
