Truyện tranh "Nghìn Lẻ Một Đêm Với Tổng Tài" xoay quanh câu chuyện về cô gái trẻ xinh đẹp và thông minh, chỉ số IQ vượt trội - Phương Mai, bất ngờ chuyển sinh vào một thế giới song song khác. Tại đây, cô trở thành trợ lý của tổng tài lạnh lùng và quyền lực - Vân Thần.
Với sự hỗ trợ từ "hệ thống chuyển sinh", Phương Mai nhận nhiệm vụ làm cho Vân Thần phải yêu mình trong vòng một nghìn lẻ một đêm để hoàn thành nhiệm vụ và quay về thế giới thực. Tuy nhiên, không hề dễ dàng khi Vân Thần tỏ ra cực kỳ khó tính, tự tin và không bao giờ để bị lừa. Trong khi cố gắng thực hiện nhiệm vụ, Phương Mai dần phát hiện ra những bí mật đen tối đằng sau vẻ ngoài hoàn hảo của Vân Thần.
Khi tình cảm giữa họ dần bắt đầu nảy nở, Phương Mai không chỉ đối mặt với nguy hiểm từ những kẻ muốn hại cô, mà còn đối diện với sự chia rẽ giữa hai thế giới khác nhau. Liệu cô có thành công trong việc khiến Vân Thần thổ lộ tình cảm của mình hay số phận sẽ dần biến chuyển sang một hướng khác không thể lường trước được?
