Trong ngõ nhỏ ven sông, cô gái trẻ Hinako luôn mang trên mình chiếc huy hiệu màu xanh dương hình chấm bi. Mỗi chấm bi tượng trưng cho một ý nghĩa khó hiểu, nhưng chỉ Hinako mới biết. Đằng sau vẻ ngoài hiền lành, cô đọng một bí mật kinh hoàng, kéo theo sự hoài nghi từ người dân thị trấn.
Khi Takeru, anh chàng vô tình dấn thân vào cuộc sống của Hinako, bí mật kia dần hé lộ. Họ cùng nhau giải mã mỗi chấm bi để khám phá sự thật giấu kín. Tuy nhiên, khi mật khẩu cuối cùng được khám phá, sự thật hãi hùng như một cơn gió lạnh xoáy cuốn, khiến cả hai phải đối diện với quyết định khó khăn: tiếp tục hay chấm dứt sứ mệnh của mình.
Tình yêu và sự hy sinh, bí ẩn và sự thật, Mizutama Puzzle không chỉ là câu chuyện tranh bình thường, mà là một điều bí ẩn đang chờ đợi để được khám phá.
