Truyện tranh "Middle Schooler × Housewife" xoay quanh cuộc gặp gỡ bất ngờ giữa Tsukiko, một học sinh trung học non nớt và Miki, một bà nội trợ trẻ tuổi nhưng ẩn chứa nhiều bí ẩn. Tsukiko, một cô gái mồ côi cha mẹ, luôn cô đơn và thiếu thốn tình thân trong cuộc sống. Một ngày, khi đang lang thang trên phố, cô vô tình gặp Miki, người phụ nữ lịch lãm và quyến rũ. Hai người bắt đầu tìm hiểu nhau và phát hiện ra rằng họ đã từng quen biết trong quá khứ một cách bất ngờ.
Dần dần, mối quan hệ giữa Tsukiko và Miki trở nên phức tạp hơn khi bí mật về quá khứ của Miki dần được hé lộ. Không chỉ đơn thuần là một bà nội trợ bình thường, Miki còn là một điệp viên chuyên nghiệp trong quá khứ. Sự kết hợp độc đáo giữa cô học sinh trung học và người phụ nữ lạnh lùng này đã tạo nên những tình tiết rối ren, hấp dẫn và không thể đoán trước được.
Với sự phát triển của mối quan hệ này, không chỉ khám phá về bí mật của Miki mà còn về bản chất của Tsukiko, khiến cho cả hai phải đối mặt với những quyết định khó khăn về tình yêu, tình bạn và trách nhiệm của mình. liệu hai người có thể vượt qua những khó khăn này và tìm thấy hạnh phúc đích thực hay không?