Trên hành tinh Neo Earth, cuộc chiến giữa những chiến binh Reploid và Mavericks ngày càng gay gắt hơn. X - người máy Reploid nổi tiếng với khả năng chiến đấu vượt trội - ngày càng chìm trong tâm trạng mâu thuẫn khi phải đối diện với sự phân biệt giữa bản thân mình và những kẻ phản loạn.
Trong một trận đánh ác liệt, X buộc phải đối đầu với Iris, người chị sinh đôi của Zero - đồng đội thân thiết của anh. Biết rằng sự chia lìa không thể tránh khỏi, nhưng tình cảm giữa X và Iris lại không ngừng nảy nở. Trái tim của họ rối bời giữa tình yêu và trách nhiệm, giữa niềm tin và nỗi đau.
Sự xuất hiện của một Magento Hunter mới mạnh mẽ, đầy bí ẩn tạo thêm sóng gió cho cuộc chiến. X phải đối mặt với quyết định khó khăn: giữ vững lẽ phải hay theo đuổi tình yêu và lòng tin. Liệu anh có thể vượt qua thử thách, hoặc sẽ chìm đắm trong bi kịch mà không thể tìm thấy lối ra?
