Cuộc chiến giữa siêu anh hùng và bộ phận cơ quan chính phủ S.H.I.E.L.D đã đạt đến đỉnh điểm căng thẳng. Đội trưởng Nick Fury phải đối diện với quyết định khó khăn: tin tưởng vào Justice League - đội ngũ có thể bảo vệ người dân khỏi bất kỳ hiểm họa nào, hay là uống nước nhấn chìm, đồng thuận với phần lớn đám đen trắng?
Trong khi đó, Iron Man và Captain America phải lòng một cơ sở chính của S.H.I.E.L.D, ẩn chứa bí mật chấn động cả thế giới siêu anh hùng. Họ không chỉ tìm ra sự thật đen tối về quá khứ của S.H.I.E.L.D, mà còn hứng chịu sự phản kích từ cả hai phe.
Khi khám phá càng sâu vào một âm mưu lớn hơn, Iron Man và Captain America phát hiện ra họ không còn cô đơn trong cuộc chiến này. Một mặt nạ mới giấu đi con người thực sự của một siêu anh hùng khác sẽ khiến cả thế giới Marvel chao đảo.
