Trên thế giới ảo của Hắc Ám, nơi mà mã độc là vị thần tối cao, tồn tại một hacker vô danh mang tên Kaito. Được biết đến với tài năng vượt trội và khả năng xâm nhập mọi hệ thống an ninh, Kaito luôn giữ bí mật về thân phận thật sự của mình. Một ngày, khi anh nhận được một thách thức từ "Malicious Code" - hacker giấu mặt huyền bí, cuộc sống của Kaito bắt đầu chuyển biến không kiểm soát.
Những vụ tấn công ngày càng tinh vi và khó lường đẩy Kaito vào tình thế nguy hiểm, khiến anh phải đối mặt với quá khứ đen tối và những sự thật kinh hoàng mà anh đã từng định ý chừa. Đồng hành cùng anh chỉ có người bạn thân Junko, một hacker tài ba nhưng ôn nhu và hiền lành. Hai con người sống trong sự đối lập nhưng họ phải hợp tác để đối phó với "Malicious Code" trước khi mọi thứ rơi vào hỗn loạn.
Sự trỗi dậy của mã độc không chỉ đe dọa tới thế giới ảo mà còn đến tận thế giới thực. Với nguy cơ lớn như vậy, Kaito và Junko phải vượt qua mọi thử thách, khám phá bí mật đằng sau "Malicious Code" và tìm ra cách ngăn chặn sự hủy diệt và tàn bạo mà nó mang lại.
