Trong một thế giới phép thuật rộng lớn, những cô gái Magical Girl đã sống hạnh phúc dưới sự bảo vệ của Madoka - Nữ thần của ánh sáng. Tuy nhiên, mọi thứ dường như không còn như xưa khi một thế lực bí ẩn bắt đầu xuất hiện, đánh thức những đau thương từ quá khứ và biến đổi sự thật mà họ tin tưởng.
Homura, người bạn thân của Madoka, dần nhận ra rằng cô không phải là chính mình và bị mắc kẹt trong một vũ trụ song song giữa hiện thực và ảo ảnh. Để cứu lấy tình bạn đầu tiên và chính mình, Homura quyết định đối chọi với số phận và vươn lên trước thử thách nặng nề.
Bi kịch và tinh thần của những Magical Girl này sẽ được đặt vào thử thách cuối cùng, nơi sự hy sinh và lòng trung thành sẽ phải đối diện với tình yêu và khao khát tự do. Câu chuyện về sự phản bội, sự hy sinh và lòng trung thành sẽ được viết nên trong cuộc chiến giữa cái ác và cái thiện, giữa sự thật và giả dối.
