Trong một thế giới nơi ma thuật tồn tại song song với thực tại, những cô gái mang sức mạnh Mahou Shoujo phải đối mặt với quyết định khó khăn: hy sinh chính mình để cứu thế giới hay sống trong lo lắng và hi sinh vô hình trong từng ngày qua đi? Homura, cô gái mang trọng trách thời gian, luôn cảm thấy mình chưa đủ mạnh mẽ để bảo vệ Madoka, người bạn duy nhất của mình. Tuy nhiên, khi Kyubey tiết lộ một bí mật kinh hoàng, Homura phải đối mặt với sự lựa chọn khó khăn nhất từ trước đến nay: hy sinh tất cả để ngăn chặn một thảm họa đe dọa cả thế giới hay tiếp tục sống trong ân hận và hối tiếc? Sức mạnh, tình bạn, lòng hi sinh, và cái giá phải trả - tất cả sẽ được đặt lên bàn cân trong cuộc chiến đầy kịch tính giữa ánh sáng và bóng tối, hành động và hi sinh.
