Trong một buổi chiều nắng ấm, Madoka và Homura ngồi cùng nhau tại công viên yên bình. Bỗng nhiên, một cơn gió lạ bất thường thổi qua, khiến cây cỏ phát ra tiếng kêu kỳ lạ. Hai cô gái đồng loạt nhìn nhau với sự ngạc nhiên trên khuôn mặt.
"Chắc chúng ta đang mơ đấy," Madoka nói như một cách để xua tan cảm giác kỳ quái.
Nhưng khi nhìn kỹ hơn, họ phát hiện một cánh cổng ma thuật màu sắc rực rỡ mọc ngay trước mặt. "Đi vào đó thử xem," Homura đề nghị.
Một cảm giác hỗn loạn tràn ngập trong họ khi bước chân qua cánh cổng. Đằng sau nó là một thế giới hoàn toàn khác biệt, nơi mọi vật đều lộ ra dạng hình giống hệt chính bản thân họ.
Madoka và Homura sợ hãi, nhưng bất ngờ tự hỏi liệu họ có thể tìm ra cách để vượt qua thử thách này. Câu chuyện về Madoka Homura Collection chính thức bắt đầu.
