Trên hòn đảo lạnh giá, linh hồn của người anh hùng Link bắt đầu một cuộc phiêu lưu chưa từng có. Khi không thể trốn được khỏi lời nguyền của vị linh hồn độc ác Bellum, Link đành phải đối mặt với những thử thách mà tưởng chừng không thể vượt qua. Con tàu huyền thoại của anh, Phi Thuyền, bỗng xuất hiện trước mắt anh, đưa anh đến những đảo hoang kỳ bí trên biển rộng.
Trên hành trình, Link gặp phải những thế lực hiểm ác, những thử thách ly kỳ và những bí ẩn ẩn sau lớp vỏ của từng hòn đảo. Trái tim anh dần được khám phá, từ sự lạnh lùng vì mất người thân đến tình yêu xứng đáng để chiến đấu. Trong khi đó, Tetra - nữ thuyền trưởng kiên cường, không ngừng cố gắng bảo vệ đồng đội mình - đã lộ ra bí mật đen tối từ quá khứ, đẩy cả nhóm vào nguy hiểm khôn lường.
Liệu Link có thể vượt qua mọi thử thách, đánh bại Bellum và giải thoát cho Tetra, cùng với những linh hồn bị bắt trong thảo nguyên danh vọng chết chóc của Phantom Hourglass? Đó là bí mật mà chỉ thời gian mới có thể giải đáp...
