Truyện tranh "Kimi Wa, Nina Janai!" xoay quanh câu chuyện của hai người bạn thân từ thuở nhỏ, Nina và Hiro. Nina, cô gái mạnh mẽ, luôn giúp đỡ Hiro vượt qua mọi khó khăn. Một ngày, Hiro ngẫu nhiên phát hiện ra một bí mật kinh hoàng về gia đình mình, khiến anh hoang mang và bất lực. Trong lúc tuyệt vọng, Hiro tìm đến Nina nhưng bất ngờ phát hiện ra rằng cô cũng đang che giấu một bí mật khủng khiếp về quá khứ của mình.
Những khúc mắc và sự thật hé mở dần khiến họ dần nhận ra rằng, người họ từng tin tưởng không phải lúc nào cũng là người mình nghĩ. Trong khi tìm kiếm lẽ phải, họ đối diện với bi kịch, sự hiểu lầm và sự phản bội từ những người xung quanh. Những tâm tư rối ren, những quyết định đầy áp lực đẩy họ đến bờ vực của tình bạn và tình yêu. Liệu họ có thể vượt qua được mọi khó khăn, hoặc bí mật sẽ phá hủy tất cả?
