Truyện tranh "Kagekuri Kitan" xoay quanh cuộc hành trình của cô học sinh trung học tên Kira, một cô gái bí ẩn với khả năng nhìn thấy linh hồn và kiếm pháp huyền bí. Trong một lần vô tình giúp một linh hồn âm thầm giải thoát, Kira bị kéo vào một thế giới ngầm của các thế lực siêu nhiên và bí ẩn.
Ngày đầu tiên chuyển đến ngôi trường mới, Kira bắt gặp một sự cố kỳ lạ: các học sinh bỗng dưng mất đi linh hồn, biến thành những "bóng đen" vô tri vô giác. Không những thế, cô còn phát hiện ra một tổ chức bí ẩn đang âm mưu sử dụng sức mạnh huyền bí của những linh hồn đã bị hút đi để thống trị trường học.
Với quyết tâm bảo vệ bạn bè và ngăn chặn âm mưu đen tối đang lan rộ, Kira quyết định tìm hiểu sự thật đằng sau những sự kiện kỳ bí này. Trong hành trình, cô đã phải đối mặt với những thử thách đáng sợ, khám phá bí mật của quá khứ và đối đầu với những kẻ địch ác độc không ngừng tìm cách tiêu diệt cô.
Tuy nhiên, khi tất cả chân tướng đã dần hé lộ, Kira bất ngờ phát hiện ra một sự thật đau lòng về nguồn gốc của khả năng siêu nhiên của mình – một bí mật gắn liền với quá khứ u ám mà cô đã cố quên suốt nhiều năm. Liệu Kira có vượt qua được thử thách cuối cùng và giải thoát cho cả bản thân mình khỏi cơn ám ảnh hay không?
