Trên mái trường trung học nơi cô gái trẻ Hinata theo học, một câu chuyện bất ngờ đã xảy ra. Hinata - một học sinh nổi tiếng với tính cách hoạt bát và thân thiện đã phát hiện ra rằng cô em gái nhỏ của mình, Yui, đã bí mật biến mất suốt một tuần qua. Bất chấp sự lo lắng, Hinata quyết định điều tra để tìm ra sự thật đằng sau sự biến mất đáng ngờ của Yui.
Qua những dấn thân vào cuộc sống bí mật của em gái, Hinata bắt đầu khám phá ra những bí mật mà Yui đã cố gắng che giấu. Từ việc tham gia vào các câu lạc bộ bí ẩn đến việc tìm hiểu về những người bạn mới kỳ lạ của Yui, mọi chuyện dần trở nên phức tạp hơn Hinata từng nghĩ. Liệu sự thật về Yui sẽ giải đáp mọi ẩn số hay chỉ đẩy Hinata vào những rắc rối khôn lường hơn? Chuyện gì đang chờ đợi cô gái này phía trước, chỉ có thể biết sau khi Hinata khám phá sự thật đầy bất ngờ về "Imouto No Tomodachi Ga Nani Kangae Teru No Ka Wakaranai".
