Truyện tranh "Houseki no Kuni" xoay quanh cuộc hành trình của các Ngọc quý, những sinh vật sống mãi và chiến đấu chống lại những Kẻ Thù lạ kỳ. Trong một buổi tập trận thường ngày, Phosphophyllite - một trong những Ngọc quý trẻ tuổi nhưng nổi tiếng chiến đấu kém cỏi và tâm thần không ổn định, đã phạm sai lầm khi giao chiến với một Địch mạnh mẽ và để vuột mất Tường Thể Bảo vệ bản thân.
Hậu quả không chỉ dẫn đến thương vong nặng nề mà còn khiến Phos rơi vào tâm trạng bi ai và tuyệt vọng. Trong lúc hối hận vô cùng, Phos quyết định rời bỏ ngôi làng quen thuộc để tìm kiếm cách khắc phục lỗi lầm của mình. Trên con đường phiêu lưu, Phos gặp ngẫu nhiên một Ngọc quý tự xưng là Cinnabar, người luôn sống cô đơn và lẻ loi vì khả năng hủy diệt độc hại của mình.
Hai nhân vật tìm thấy sự cần thiết và ý nghĩa trong việc giúp đỡ lẫn nhau, họ cùng nhau chiến đấu, trưởng thành và khám phá ra những bí mật về nguồn gốc của mình. Nhưng khi Phos khám phá ra sự thật động lòng người, không ai có thể ngờ đến kết cục đen tối và bí ẩn đằng sau vòng xoáy câu chuyện này. Liệu tình bạn giữa họ có thể đảm bảo sự sống sót, hay sẽ dẫn đến bi kịch không lường trước?