Trong một ngôi làng nhỏ, cậu bé Takeru vô tình phát hiện một chiếc hộp cũ kỹ đầy bụi. Không ngờ chiếc hộp chứa đựng một viên hạt bí ẩn, biến cậu thành người duy nhất có khả năng thấy được linh hồn của mọi người xung quanh. Thế nhưng, sức mạnh đó đồng thời cũng khiến cho Takeru trở thành mục tiêu săn lùng của tổ chức bí ẩn "Phantom Hunters" - người chuyên săn bắt những linh hồn thất lạc.
Chính tại thời điểm nguy cấp nhất, cậu gặp gỡ Ponko - một linh hồn trẻ trung, hồn nhiên và luôn muốn giúp đỡ mọi người. Hai người không hề biết rằng, số phận của họ đã được vén màn bí ẩn từ hàng trăm năm trước. Bị cuốn vào một trận chiến giữa thế giới của linh hồn và con người, liệu Takeru và Ponko có thể tìm ra câu trả lời cho bí mật đằng sau sức mạnh kì lạ này, hay họ sẽ mắc kẹt mãi mãi trong vòng xoáy của sự truy đuổi và bí ẩn?
