Truyện tranh "Honey Lemon Soda" xoay quanh cuộc sống của cô nữ sinh trung học ngọt ngào và tinh nghịch, Himari, cùng chàng trai lạnh lùng và bí ẩn, Yuzuki. Mặc dù từng trải qua nhiều biến cố và xung đột, Himari vẫn không ngừng cố gắng làm Yuzuki mở lòng và thay đổi.
Một ngày, Himari phát hiện ra một bí mật kinh hoàng về quá khứ của Yuzuki. Tất cả những gì cô từng biết về anh chàng đều hoàn toàn sai lầm, và điều này thay đổi hoàn toàn cách nhìn của Himari về Yuzuki. Cô bắt đầu điều tra chân tướng những sự thật kinh hoàng ẩn sau vẻ bề ngoài lạnh lùng của Yuzuki, đồng thời đối diện với những nguy hiểm không ngờ từ quá khứ của anh.
Himari quyết định đứng lên và vượt qua tất cả để bảo vệ người mình yêu thương. Liệu điều gì đang chờ đợi họ phía trước? Mối quan hệ giữa Himari và Yuzuki sẽ phát triển ra sao khi những bí mật kinh hoàng này dần được hé lộ?
