Trong học viện pháp thuật nổi tiếng Witch Academy, cô nữ sinh Haruhi luôn tự giữ bí mật về sức mạnh cô posess - có khả năng kết nối linh hồn giữa thế giới của con người và thế giới hồn ma. Một ngày, khi cô vô tình mở cánh cửa kín đáo giữa hai thế giới, mọi sự hỗn loạn bắt đầu xảy ra. Những linh hồn bị lạc hướng bắt đầu xâm nhập vào thế giới con người, tạo ra những hiện tượng siêu nhiên kì bí và đầy rắc rối.
Với trách nhiệm đặt trên vai, Haruhi phải khám phá nguyên nhân gây ra hiện tượng bí ẩn này và tìm cách khắc phục. Trên hành trình của mình, cô phải đối diện với nhiều thử thách đáng sợ, từ những linh hồn hận thù đến những sinh vật huyền bí không kiểm soát được. Sự giúp đỡ đến từ những người bạn của Haruhi cũng không thiếu, nhưng liệu họ có đủ sức giúp cô giải quyết mọi vấn đề và giữ cho cánh cửa giữa hai thế giới đóng lại an toàn?
