Trên ngôi trường danh giá Gakuen Alice, nơi mà những học sinh mang trong mình những năng lực đặc biệt được đào tạo, câu chuyện mới lại bắt đầu. Trong một ngày nắng đẹp, Hikari - cô học sinh ưa nhìn nhưng lúc nào cũng kín đáo - đã phát hiện ra một quyển sổ bí mật giữa khu vườn hoa của trường. Lật từng trang, những thông tin kỳ lạ về quá khứ của Alice Academy dần hé lộ: vị hiệu trưởng lâu năm, ngài Kurobara, đã chôn vùi một bí mật khủng khiếp dưới dạng một tâm hồn bị giam cầm.
Dẫn dắt bởi sự tò mò, Hikari quyết định khám phá sâu hơn, không ngờ rằng cô đang dấn mình vào một âm mưu đen tối đã được che giấu suốt nhiều năm. Thông qua những bí mật mà quyển sổ mang lại, cô hé lộ sự thật về nguyên nhân khiến trường học trở nên khép kín, và về cái chết đầy bí ẩn của một học sinh trước đây. Hikari phát hiện ra rằng mình có liên kết mạnh mẽ với sự thật ẩn giấu này, và cô phải tìm cách vén bức màn của bí mật trước khi mọi thứ đi quá xa.
Với sự giúp đỡ của những người bạn mới và sức mạnh kỳ bí của mình, Hikari bắt đầu cuộc hành trình hấp dẫn để phá bỏ những bí mật của Gakuen Alice, đồng thời đối mặt với những thử thách và địch thủ đáng sợ từ phía Hiệu trưởng Kurobara. Câu chuyện với twist đầy kịch tính, những lời thoại sắc bén và cảm xúc chân thực hứa hẹn sẽ đưa độc giả vào một thế giới đầy bí ẩn và lý thú của trường học đặc biệt này.
