Trong màn đêm u tối, cơn bão lạnh buốt cuồn cuộn quét qua thành phố Tokyo-3, cuốn theo những hồn ma sống còn và những ước mơ tan vỡ. Trong căn phòng nhỏ, Misato hồn nhiên ngồi trước bức tranh vẽ sơn dầu mà cô vừa hoàn thành. Nhưng ánh sáng trăng lạnh lùng chiếu vào bức tranh, làm cho nó trở nên u ám và đáng sợ. Cắt nhau bằng lưỡi dao sắc bén, Misato đột nhiên nhận ra bí ẩn đằng sau bức tranh ấy.
Khi những âm thanh kỳ dị vang lên từ chiếc radio cũ, một cánh cửa tối thăm thẳm mở ra, để lộ ra một thế giới bên trong khác biệt, kỳ bí và nguy hiểm. Misato đã bị hấp dẫn bởi thứ tinh tế nhưng man rợ kia, không thể rời mắt khỏi nó. Đột nhiên, bóng người gầy ốm hiện ra từ bóng tối, ánh mắt hút hồn như muốn thâm nhập sâu vào tâm hồn cô gái trẻ. Từ đây, khám phá về thế giới ẩn giấu và những bí mật của Evangelion sẽ dần được hé lộ, khi Misato phải đối mặt với quá khứ mà cô đã vùi dập trong lòng suốt bấy lâu.
