Truyện "Đô Thị Siêu Cấp Thần Tôn" xoay quanh anh chàng thiếu niên tên Kaito, người vô tình chiến đấu với một tên tội phạm cấp độ S với sức mạnh siêu nhiên kỳ lạ. Trong trận đấu cam go này, Kaito bị thương nặng và mắc kẹt trong một khu vực hẻo lánh. Tuy nhiên, chính ở đây, anh phát hiện ra một khả năng bí ẩn đến từ dòng máu họ cậu - khả năng kích hoạt sức mạnh tối thượng của mình.
Dần dần, Kaito khám phá ra rằng gia tộc cậu không chỉ là những người bình thường như cậu từng nghĩ, mà họ còn là những thần thánh có thể kết nối với thế giới siêu nhiên. Từ đó, mục tiêu sống củ khoác lên vai Kaito là phải tiêu diệt mọi ác quỷ, bảo vệ thế giới chúng ta khỏi sự tàn phá của những lực lượng hắc ám mạnh mẽ. Nhiệm vụ của Kaito không chỉ là cứu thế giới, mà còn là tìm hiểu về bí mật của gia tộc và chiến đấu vì công lý.
