Trong một tương lai không xa, trường học Gakuen Genome nổi tiếng với chương trình giáo dục đặc biệt dành cho những học sinh có khả năng siêu nhiên. Những học sinh ở đây không chỉ học về Toán, Văn, mà còn được dạy về sức mạnh siêu nhiên ẩn giấu trong DNA của họ.
Trong lớp học đồng thời tầng cốt lõi của câu chuyện, hai cô gái Nhật và Sakura, một dễ thương, ngây thơ, một khí phách và lạnh lùng, đã nảy sinh tình cảm đặc biệt với nhau. Tuy nhiên, bí mật về quá khứ của Sakura dần dần được bộc lộ. Không ai ngờ rằng, cô ấy có mối liên kết tới tổ chức ngầm đen tối - DarkGene, một tổ chức tìm kiếm và khai thác sức mạnh siêu nhiên của con người cho mục đích xấu xa.
Nhật phải đương đầu với sự thật đau lòng về người mình yêu, cùng nỗ lực bảo vệ trường học khỏi những âm mưu đen tối của DarkGene. Trên hành trình ấy, cô phát hiện ra rằng sức mạnh thực sự không nằm trong DNA, mà nằm trong tình yêu và sự hy sinh của con người. Cuộc chiến liệu sẽ kết thúc như thế nào, khi tất cả mọi người đều biết rằng "DNA không nói lên tất cả"?
